Изучение полиморфизма гена DQA1 диких и домашних северных оленей (Rangifer tarandus) азиатской части России

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Современные тенденции к интенсификации селекции домашних сельскохозяйственных животных обусловливают необходимость детального исследования генетической изменчивости в генах-кандидатах, связанных с мясной продуктивностью, в том числе и у северного оленя. В настоящий момент первоочередной задачей является поиск молекулярно-генетических маркеров для идентификации и отбора особей с желаемыми характеристиками. Одним из таких потенциальных генов-кандидатов является ген DQA1. Предполагается, что отдельные гены иммунной системы могут влиять на показатели роста животных. Изменчивость в регионе гена DQA1 по результатам многих исследований была ассоциирована с размером и мясной продуктивностью скота. Анализ главных компонент по изменчивости DQA1 объединил диких и домашних северных оленей Якутии, что подразумевает поток генов между локальными породами одомашненного северного оленя и дикими популяциями, а также формирование схожих механизмов адаптации. Однако между дикими и эвенкийскими северными оленями Амурской области были выявлены значительные различия, что может отражать влияние процессов доместикации на эвенкийскую породу. При этом северные олени Амурской области отличаются пониженной гетерозиготностью (не более 10% гетерозигот по каждому полиморфному сайту). Наибольшее количество гетерозигот отмечено для ненецкой породы.

Об авторах

Е. А. Коноров

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия; Москва, 109316 Россия

К. А. Курбаков

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия; Москва, 109316 Россия

М. Т. Семина

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия

В. Н. Воронкова

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия

А. А. Онохов

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия

К. А. Лайшев

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Северо-Западный центр междисциплинарных исследований проблем продовольственного обеспечения

Автор, ответственный за переписку.
Email: casqy@yandex.ru
Москва, 119991 Россия; Санкт-Петербург, 196608 Россия

Список литературы

  1. Al-Waith H.K., Al-Anbari N.N., Mohamed T.R. Relationship of the DQA1 gene polymorphism with productive performance in Holstein cattle // Plant Archives. 2018. V. 18. P. 2636–2640. https://doi.org/10.5555/20203001636
  2. Kim H., Caetano-Anolles K., Seo M. et al. Prediction of genes related to positive selection using whole- genome resequencing in three commercial pig breeds // Genomics Inform. 2015. V. 13. P. 137–145. https://doi.org/10.5808/GI.2015.13.4.137
  3. Vandre R.K., Gowane G.R., Sharma A.K., Tomar S.S. Immune responsive role of MHC class II DQA1 gene in livestock // Livest. Res. Int. 2014. V. 2. P. 1–7.
  4. Park Y.H., Joo Y.S., Park J.Y. et al. Characterization of lymphocyte subpopulations and major histocompatibi- lity complex haplotypes of mastitis-resistant and susceptible cows // J. Veter. Sci. 2004. V. 5. № 1. P. 29–39. https://doi.org/10.4142/jvs.2004.5.1.29
  5. Vandre R.K., Sharma A.K., Gowane G.R. et al. Trend of association of BoLA-DQA1 alleles with FMDV vaccine elicited immune response in crossbred cattle // Indian J. Anim. Sci. 2014. V. 84. № 6. P. 619–623. https://doi.org/10.56093/ijans.v84i6.41569
  6. Cronin M.A., Renecker L., Pierson B.J., Patton J.C. Genetic variation in domestic reindeer and wild caribou in Alaska // Animal Genetics. 1995. V. 26. № 6. P. 427–434. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1995.tb02695.x
  7. Kennedy L.J., Modrell A., Groves P. et al. Genetic diversity of the major histocompatibility complex class II in Alaskan caribou herds // Int. J. Immunogenetics. 2011. V. 38. № 2. P. 109–119. https://doi.org/10.1111/j.1744-313X.2010.00973.x
  8. Lukacs M., Nymo I.H., Madslien K. et al. Functional immune diversity in reindeer reveals a high Arctic population at risk // Front. in Ecol. and Evol. 2023. V. 10. https://doi.org/10.3389/fevo.2022.1058674
  9. Muuttoranta K., Holand Ø., Røed K.H. et al. Genetic variation in meat production related traits in reindeer (Rangifer t. tarandus) // Rangifer. 2014. V. 34. № 1. P. 21–36. https://doi.org/10.7557/2.34.1.2753
  10. Николаев С.В., Матюков В.С., Филатов А.В. Изменения микросателлитного профиля в опытном стаде северных оленей ненецкой породы // Междунар. вестник ветеринарии. 2023. № 3. С. 275–283. https://doi.org/10.52419/issn2072-2419.2023.3.275
  11. Сёмина М.Т., Каштанов С.Н., Бабаян О.В. и др. Анализ генетического разнообразия и популяционной структуры ненецкой аборигенной породы северных оленей на основе микросателлитных маркеров // Генетика. 2022. Т. 58. № 8. С. 954–966. https://doi.org/ 10.31857/S0016675822080069
  12. Kharzinova V.R., Dotsev A.V., Solovieva A.D. et al. Genome-wide SNP analysis reveals the genetic diversity and population structure of the domestic reindeer population (Rangifer tarandus) inhabiting the indigenous tofalarlands of southern Siberia // Diversity. 2022. V. 14. № 11. P. 900.
  13. Kholodova M.V., Baranova A.I., Mizin I.A. et al. A genetic predisposition to chronic wasting disease in the reindeer Rangifer tarandus in the Northern European part of Russia // Biology Bulletin. 2019. V. 46. P. 555–561. https://doi.org/10.1134/S1062359019060074
  14. Курбаков К.А., Коноров Е.А., Семина М.Т., Столповский Ю.А. Распространение ассоциированных с болезнью хронического изнурения аллелей гена PRNP у диких и домашних северных оленей Rangifer tarandus на территории России // Генетика. 2022. Т. 58. № 2. С. 163–168. https://doi.org/10.31857/S0016675822020102
  15. Keane O.M., Dodds K.G., Crawford A.M., McEwan J.C. Transcriptional profiling of Ovis aries identifies Ovar-DQA1 allele frequency differences between nematode-resistant and susceptible selection lines // Phy- siol. Genomics. 2007. V. 30. № 3. P. 253–261.
  16. Ye J., Coulouris G., Zaretskaya I. et al. Primer-BLAST: А tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction // BMC Bioinformatics. 2012. V. 13. № 1. P. 1–11. https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-134
  17. Kluesner M.G., Nedveck D.A., Lahr W.S. et al. EditR: A method to quantify base editing from Sanger sequen- cing // The CRISPR J. 2018. V. 1. № 3. P. 239–250. https://doi.org/10.1089/crispr.2018.0014
  18. Edgar R.C. MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucl. Acids Res. 2004. V. 32. № 5. P. 1792–1797. https://doi.org/10.1093/nar/gkh340
  19. Kumar S., Stecher G., Li M. et al. MEGA X: Мolecular evolutionary genetics analysis across compu- ting platforms // Mol. Biol. Evol. 2018. V. 35. № 6. P. 1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  20. Lê S., Josse J., Husson F. FactoMineR: Аn R pac- kage for multivariate analysis // J. Stat. Software. 2008. V. 25. P. 1–18. https://doi.org/ 10.18637/jss.v025.i01
  21. Svishcheva G., Babayan O., Sipko T. et al. Genetic differentiation between coexisting wild and domestic reindeer (Rangifer tarandus L. 1758) in Northern Eu- rasia // Genet. Resources. 2022. V. 3. № 6. P. 1–14. https://doi.org/10.46265/genresj.UYML5006

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025