Application of the Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Spike Protein for the Development of a Peptide Vaccine against Virus

A. S. Ivanovsky; Ивановский А. С.; I. A. Kolesnikov; Колесников И. А.; Yu. V. Kordonskaya; Кордонская Ю. В.; A. V. Ermakov; Ермаков А. В.; M. A. Marchenkova; Марченкова М. А.; V. I. Timofeev; Тимофеев В. И.; Yu. V. Pisarevsky; Писаревский Ю. В.; Yu. A. Dyakova; Дьякова Ю. А.; M. V. Kovalchuk; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600349

Применение кристаллической структуры спайкового белка SARS-CoV-2 для разработки пептидной противовирусной вакцины

Авторы: Ивановский А.С.¹, Колесников И.А.², Кордонская Ю.В.²^,1, Ермаков А.В.², Марченкова М.А.²^,1, Тимофеев В.И.²^,1, Писаревский Ю.В.¹^,2, Дьякова Ю.А.², Ковальчук М.В.²^,1
Учреждения:
1. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
2. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Выпуск: Том 68, № 6 (2023)
Страницы: 955-958
Раздел: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://j-morphology.com/0023-4761/article/view/673310
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600349
EDN: https://elibrary.ru/ABZIFA
ID: 673310

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

На основе спайкового белка вируса SARS-CoV-2 предсказан белок, который может вызывать иммунный ответ. Методом молекулярной динамики подтверждена стабильность белка в растворе. Иммуномоделирование показало, что данный белок вызывает иммунную реакцию и, соответственно, может служить прототипом вакцины.

Список литературы

Chan J.F.-W., Yuan S., Kok K.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 395. № 10223. P 514. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9
Zhu N., Zhang D., Wang W. et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. P. 727. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
WHO (2020) Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard. World Heal. Organ.
Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected: interim guidance, WHO, 2020, 28 January.
Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 16 (1). E. 0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391
Dongwan K., Lee J.-Y., Yang J.-S. et al. // Cell. 2020. V. 181. № 4. P. 914. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.011
WHO Draft Landscape of COVID-19 Candidate Vaccines. WHO, Geneva-2020.
Smith Trevor R.F., Patel A., Ramos S. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. P. 2610. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16505-0
Mulligan Mark J., Lyke K.E., Kitchin N. et al. // Nature. 2020. V. 586. P. 589. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2639-4
Zhu F.-C., Guan X.-H., Li Y.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 396. № 10249. P. 479. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31605-6
Gao Q., Bao L., Mao H. et al. // Science. 2020. V. 369. № 6499. P. 77.
Cao Y., Yisimayi A., Jian F. et al. // Nature. 2022. V. 608. P. 593. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
Gallagher T.M., Buchmeier M.J. // Virology. 2001. V. 279. № 2. P. 371. https://doi.org/10.1006/viro.2000.0757
https://pymol.org/2/
Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. № 8. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. № 5. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096
Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // J. Immunol. Res. 2012. Art. 925135. https://doi.org/10.1155/2012/925135
Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.000986